Woah.. Nachdem ich nun über zwei Stunden an einem Fluid/TemplaVoila-Problem verbracht habe, hier nun die Lösung für alle, die vielleicht mal ein ähnliches Problem haben.
Ziel war es in eine bestehende TemplaVoila-Website, eine komplette neue Website zu integrieren, welche jedoch auf Fluid als Template-Engine setzt. Alles im Allgemeinen kein Problem, da ich schon sehr lange mit Fluid arbeite und es lieben gelernt habe 
Das Vorgehen zur Integration der zusätzlichen Website ging nun wie gewohnt von statten:
- fluid und extbase über den Extension-Manager installiert
- Im fileadmin ein neues Verzeichnis angelegt, wo die üblichen Template-Dateien für Fluid liegen
- Im Typo3-Root einen neuen Shortcut für meine neuen Website-Root erstellt. Darin liegen wie gewohnt die Pages der Websites.
- Auf der Website-Root Seite wird nun ein neues Root-Template erstellt. Hier werden im TypoScript-Template auf dem Tab:Options die folgenden Checkboxen angehakt:
Clear: Constants & Setup; Rootlevel - Zusätzlich werden auf der Website-Root Seite die erforderlichen Backend-Templates erstellt
Alles in allem, bis auf die Einstellungen zur zweiten Website, wurden die Schritte wie in diesem Artikel ausgeführt: Create a complete Typo3 website by using the Fluid Template Engine
Nun sollte eigentlich soweit alles startklar sein, um die Inhalte einzupflegen..
Aber stop, was ist das!?
Wenn wir die Page-Properties einer Seite von uns öffnen und unter Appearance ->Backend Template eines unserer angelegten Backend-Templates auswählen wollen, ist die Select-Box leer?! Stutzig macht auch ein wenig, das dort nicht wie gewohnt das Label ‘Backend Layout (this page only)’, sondern ‘Use Template Design’ steht.
Nach langer Recherche, Testen und Debugging – keine Lösung in Sicht. Durch Zufall, da ich noch ein deaktiviertes WEB->Page Module wieder aktivieren wollte, bin ich dann in die Extension-Einstellungen der TemplaVoila-Extension gegangen – und siehe da: Die Extension biete Datenbank-Tabellen Updates an. Nach dem diese ausgeführt worden sind, der Cache proforma einmal geleert, sind auf mal alle vorhandenen Backend-Templates vorhanden. Auch das Label hat wieder wie gewohnt den Inhalt ‘Backend Layout (this page only)’
Ich sag nur, Sachen gibts – die gibts gar nicht.